La pipistrelle pygmée est une petite chauve-souris très proche physiquement de la pipistrelle commune. Son pelage dorsal est brun clair tandis que son ventre est plus clair. Sa tête est légèrement bombée. Le principal critère d'identification est la fréquence des cris d'écholocation, particulièrement élevée.
Aux niveaux national et régional, l’espèce est réputée rare mais son « existence » est encore relativement récente. Des études ont en effet permis de distinguer depuis peu la pipistrelle pygmée de la pipistrelle commune.
En Isère, l’espèce est surtout présente dans les plaines alluviales, le long de l’Isère, du Rhône mais aussi le long de la Romanche. C'est une espèce de plaine, montant rarement au-delà de 500 mètres d’altitude.
La pipistrelle pygmée est régulièrement observée en colonie mixte avec d’autres espèces de pipistrelles. En été, elle occupe des secteurs de forêts alluviales et de boisements clairsemés, toujours à proximité de pièces d’eau comme des lacs, étangs ou rivières. Des colonies sont parfois retrouvées sous les écorces des arbres. De récentes études montrent que des colonies s’installent volontiers à proximité de l’homme, dans les toits des maisons, derrière des volets ou encore sous des ponts. Néanmoins, de tels cas ne sont pas connus en Isère et il semble que cette espèce privilégie les secteurs boisés dans le département.
La proximité des points d’eau s’explique par son régime alimentaire puisque la pipistrelle pygmée se nourrit essentiellement d’invertébrés aquatiques et notamment de diptères (famille des mouches) aquatiques. Elle est également parfois observée en chasse au niveau des lampadaires.
Les informations concernant les sites d’hibernation de la pipistrelle pygmée restent encore très méconnues.
Les pipistrelles pygmées sortent d’hibernation en avril. Les femelles se regroupent alors pour former des colonies allant de quelques dizaines à quelques centaines d’individus pour les plus grosses. Les femelles mettent bas vers la mi-juin et les jeunes prennent leur envol vers la fin juillet avant de se disperser en août. Les adultes se regroupent ensuite à l’automne pour se reproduire avant d’hiberner à nouveau. Néanmoins, il semble que certains individus soient migrateurs.
L’écologie de la pipistrelle pygmée implique la conservation des vieux arbres à cavités, avec décollement d’écorces, des haies le long des pièces d’eau et des boisements alluviaux.
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